三
1939年，第一届评议员任期届满，本应及时选举第二届评议员。但正值抗战时期，中央研究院各研究所及大学等其他学术机构分散撤退到大后方各地，这件大事便拖了下来。
1940年3月5日，蔡元培在香港逝世，令学界十分震惊与悲恸。作为国家的最高学术机关长期没有首脑显然对中国科学发展不利，选举院长与选举第二届评议会评议员便被提上了议事日程。
1940年3月中旬，中央研究院评议会秘书、地质学家翁文灏在与中央研究院总干事任鸿隽、前总干事朱家骅、教育部部长王世杰等人沟通后，呈报国民政府批准，召集散落在全国各地的评议员赴重庆开会，进行第二届评议员的改选，并选举新院长。当时，身为评议员的蒋梦麟、傅斯年、陈寅恪、陶孟和、李济、竺可桢、李四光等人大部分在西南大后方，他们接到通知便先后来到了山城重庆。
评议员已经选举过一次了，已有成例。但院长的继任，还是第一次，史无前例。按照《中央研究院组织法》，院长应由中央研究院评议会评议员依法集会，通过投票选举选出三位院长候选人，然后呈请国民政府主席圈定一人。然而，这件事到底会进行得怎样，评议员们的心中都没有底，但他们决心捍卫中央研究院独立的荣誉。恰好此时，蒋介石对院长之位有了一个心仪的人选。于是，围绕中央研究院继任院长的人选，民国最高掌权者与民国最高学术机构中的评议员们展开了一场精彩纷呈的角力。
蒋介石和评议员们原本有一个共同认可的继任院长的人选，那就是胡适。一向不食人间烟火的陈寅恪，不顾自己体弱眼盲，也要从昆明赶到重庆，按他的说法，就是为了投胡适一票。但是，当时胡适正担任中国驻美大使的要职。在国难当头、抗战正酣的时刻，争取美国的支持显然更是当务之急，而胡适自己也不愿离开驻美大使的岗位。
除了胡适，当时学界比较属意的院长候选人还有翁文灏、王世杰、朱家骅、任鸿隽等人。从他们的学历、经历及学术成就来看，确实都是一时之选，而且他们还都是中央研究院筹设时的重要成员、评议会评议员，与中央研究院有深厚的渊源。3月5日，评议会秘书翁文灏与竺可桢讨论院长继任人选问题，他们的共识是，推举胡适、王世杰与翁文灏三人为候选人。
然而，蒋介石心目中的中央研究院院长继任人选是顾孟余。这顾孟余倒确实也是个学者，德国柏林大学毕业，曾任北京大学经济系主任兼教务长。但他与中央研究院关系不深，且早已脱离学界，追随汪精卫多年。1939年12月，汪精卫投敌，顾孟余在香港苦劝无效，遂与汪分道扬镳，来到重庆。蒋介石对顾孟余此举十分赞赏，就想把他安置到这个位高权轻的位子上。
评议员们听到蒋介石想让顾孟余继任院长的风声，很不以为然。由蒋介石提名的做法，违反了中央研究院的选举条例，也是对学者们自由思想和独立精神的侮辱。在他们看来，中央研究院院长的职位怎么能拿来作为“酬勋”的奖品呢！因此，许多评议员明言，不会选顾孟余。
眼看“推荐”顾孟余这件事要黄，3月16日，蒋介石的幕僚陈布雷在给翁文灏的信函中明言蒋介石“盼以顾孟余为中研院院长”（中研院为中央研究院简称）。陈布雷本来想再努把力，谁知大犯众怒。
评议员们认为，蒋介石对评议员“下条子”，无疑是对读书人气节与风骨的侮辱和蔑视。如果评议员选出蒋介石所指定之人，便是弃守学术独立自治的民主选举精神。傅斯年在事后说：“介公一下条子，明知将其举出，则三人等于一个人，于是我辈友人更不肯，颇为激昂。”
3月21日，评议员们进行了一次测验性投票，结果与预期的差不多，翁文灏得21票，胡适得20票，朱家骅得19票，为院长候选人的前三名，而顾孟余连1票也没有得到。
3月22日，中央研究院的评议员们从各地齐集重庆，正式召开第一届评议会的第五次会议。出席的评议员计有王世杰、王家楫、朱家骅、任鸿隽、何廉、李济、李四光、李书华、吴定良、余青松、汪敬熙、周仁、秉志、竺可桢、林可胜、郭任远、姜立夫、胡先骕、茅以升、翁文灏、淩鸿勋、陶孟和、张其昀、陈寅恪、张云、陈焕镛、傅斯年、叶企孙、谢家声、叶良辅等30人。
3月23日，30位评议员再次到场开会，对院长候选人进行无记名投票，选出三名候选人。会议公推王世杰为临时主席。王世杰为避嫌，放弃投票。因此，总选举票为29张。开票结果，翁文灏、朱家骅各得24票，胡适得20票，李四光得6票，任鸿隽与王世杰各4票，竺可桢2票，蒋介石属意的顾孟余仅得1票。这结果与前面测试性投票差不多。评议员们这样做，恰如傅斯年所言，就是为了“表示学界之正气、理想、不屈等义”。
按照选举条例，评议会于26日正式呈文国民政府主席，报告选举结果，提请国民政府主席由当选之三名候选人中定夺一人为中央研究院院长。
蒋介石面对这样的结果，自然很不高兴，但他也无可奈何。他报复的办法就是拖，直到差不多过了半年，9月18日，他才圈定由朱家骅出掌中央研究院。为了发泄心中的不满，他还耍了一招，任命朱家骅为“代理院长”。而且，这一“代”就代了18年，直到卸职也没转正。
这次中央研究院继任院长选举的风波，不啻为政治与学术之间的角力。学者们抵制了最高当局的“条子”，彰显了学术自由的精神，维护了学术独立的尊严。
这次会议，还选出了中央研究院第二届聘任评议员：姜立夫、吴有训、李书华、侯德榜、曾昭抡、庄长恭、淩鸿勋、茅以升、王宠佑、秉志、戴芳澜、林可胜、陈桢、胡先骕、翁文灏、朱家骅、谢家荣、张云、吕炯、唐钺、王世杰、何廉、周鲠生、胡适、陈垣、赵元任、李济、吴定良、陈寅恪和钱崇澍等共30人。
随着朱家骅的到任，中央研究院进入了一个新时期。
[1]任鸿隽.泛太平洋学术会议的回顾［M］//樊洪业，张久春.科学救国之梦：任鸿隽文存.上海：上海科技教育出版社，2002：377383.