南北朝

后醍醐天皇

1221年“承久之乱”后，朝廷仍然是上皇主持院政，但皇位的继承和上皇的当政由幕府决定。围绕皇位及皇室所属庄园的继承，皇室逐渐分为持明院系及大觉寺系两派。1317年，在幕府的劝告下，两派协商决定轮流出任天皇，幕府也表示不再干预皇位的继承。1318年，大觉寺系的后醍醐天皇即位，他深受朱子学影响，渴望恢复天皇直接掌握国家大权的局面。因此，后醍醐天皇停止其父后宇多上皇的院政，亲自执政，录用政治人才，并利用幕府权威下降、“恶党”盛行之机秘密进行武力倒幕活动。

1324年，天皇与近臣商议发动畿内武士、僧兵袭击六波罗探题，但计划泄露，近臣被逮捕、流放，史称“正中之变”；1331年，天皇又派自己的两个儿子—护良亲王、宗良亲王到延历寺发动僧兵反对幕府，计划再次泄密，天皇被迫逃出京都，“恶党”楠木正成起兵响应，但很快被幕府镇压下去。后醍醐天皇被捕并被流放到隐歧岛，数名近臣被斩首，持明院系的光严天皇即位，史称“元弘之变”。

尽管如此，各地武士的反幕府运动开始高涨，以楠木正成为中心的畿内“恶党”尤为活跃。护良亲王在近畿山区招募武士，播磨（今兵库县）的赤松元心起兵响应。后醍醐天皇也很快从流放地隐歧岛逃到伯耆（今岛根县），并在其旗下集结了许多武士。

镰仓幕府为镇压这些反幕活动，在1333年派遣大将足利高氏前往京都。足利氏系源氏后裔，世代与北条氏关系密切，但在赴京都的途中却与后醍醐天皇秘密联系，并表明自己的反幕态度。在其影响下，各地的武士纷纷倒戈，攻击幕府及北条氏的据点。足利高氏与畿内的“恶党”攻陷六波罗府，上野（今群马县）的源氏后裔新田义贞率关东地区的反幕武士攻入镰仓，激战之后北条家族及近臣八百余人自杀，镰仓幕府灭亡。后醍醐天皇回到京都，废黜光严天皇，重登皇位，建立公家政权。

建武新政

后醍醐天皇重新即位后，改元“建武”，实施新政。任命高级贵族为中央各机构的大臣以及地方的国司，并强化天皇本人的权限。一方面否定对天皇权力构成威胁的幕府、院政、摄政、关白等机构或职务；另一方面，废除知行国制度，土地所有权的证书均由后醍醐天皇亲手写成。中央机构设有处理重要政务的记录所、处理诉讼的杂诉决断所、统率军队的武者所、掌管奖赏的恩赏方等机构。地方机构每国均设守护、国司，同时设镰仓将军、陆奥将军，由后醍醐天皇的两个儿子成良亲王和义良亲王担任。

后醍醐天皇实施的新政不到三年就失败了，其主要原因首先是权力过于集中，赏赐严重不均。重要的政务完全由天皇本人决定，并亲自签发每份土地所有权证书，难以做到客观公正；其次是讨幕各派之间的矛盾。公卿贵族希望恢复公家政治，武士希望恢复武家政治，传统势力要求复古，新兴势力要求革新，没有强大武力做后盾的后醍醐天皇难以平衡各派的利益冲突；另外，在百废待兴之际，朝廷还大兴土木，修建宫殿，并为此发行大量货币，增加税收，结果引起社会各界，特别是农民的不满；最重要的是，在进入武家时代以后，难以恢复律令时代的天皇制政治结构。虽然镰仓幕府倒台，但武士的力量反而有所增强，他们对天皇朝廷未满足其要求而心怀怨恨。

镰仓幕府灭亡以后，统帅旧御家人的是足利高氏，因倒幕有功，后醍醐天皇将自己名字中的“尊”字赐予足利，称足利尊氏。作为新兴武士领袖的护良亲王为对抗足利尊氏，自己就任征夷大将军，但遭到后醍醐天皇的怒斥，因为这个职位容易使人联想到武家政权。护良亲王被流放到镰仓，很快被足利尊氏之弟足利直义杀死。对新政不满的武士大多集中到足利尊氏旗下，为其恢复武家政治奠定了基础。

1335年，北条高时之子北条时行在信浓（今长野县）起兵，进军关东并打败足利直义军队后占领镰仓。足利尊氏要求率兵东征，同时要求得到征夷大将军的称号，但遭到后醍醐天皇的拒绝。足利擅自率兵进军关东，打败北条时行，夺回镰仓，同时明确表示反对天皇朝廷的新政。后醍醐天皇派遣新田义贞率兵攻打足利尊氏，但在箱根被足利尊氏打败。后者乘胜追击，进入京都。

1336年，足利尊氏被从东北地方进军京都的北畠显家打败，流落北九州地区，但各地武士纷纷投奔足利尊氏。足利率军返回近畿地区，在凑川打败楠木正成，重新占领京都。足利尊氏废黜后醍醐天皇，另立持明院系的光明天皇即位，并颁布了显示其执政方针的《建武式目》。这一文件由17项条款组成，其主要内容包括禁奢侈，行俭约；镇暴行，止贿赂；戒官员缓怠，选贤者为吏；京中空地归还原主；受理贫弱之辈的诉讼；兴办专营金融借贷的土仓等。与此同时，足利尊氏决定在京都建立幕府。1338年，足利尊氏从光明天皇那里正式得到“征夷大将军”的称号。

南北朝对立

1336年底，被废黜的后醍醐天皇逃出京都，在京都南部吉野山组成另外一个朝廷，并声称自己是正统天皇，从而形成南北朝对峙的局面。最初两年南北朝尚有战事，但支持南朝的北畠显家、新田义贞等相继战死，1339年后醍醐天皇去世后，南朝已经没有实力与北朝对抗，只剩下北畠亲房领导的东北、关东、九州等地区的少数反抗幕府据点。偏居一隅又缺乏武力的南部朝廷之所以能够经历四代天皇，维持57年的时间，是室町幕府内部足利兄弟争权夺利的结果。

幕府成立之初，将军足利尊氏作为最高的统治者执掌恩赐、军事大权，其弟足利直义行使政务实权，但两人因统治理念的差异而发生冲突。足利尊氏的亲信高师直是打败北畠亲房及楠木正成之子楠木正行的高级将领，藐视传统权威，否定庄园制，并主张尽快建立全国性武家政权。足利尊氏赞成高师直的主张，但足利直义尊重传统权威，主张在协调的基础上渐进统一。足利兄弟之间的矛盾后来发展成全国性的动乱，并轮流与南朝合作。首先是1350年足利直义转向南朝，打败北朝军队后兄弟和好，但足利尊氏在取得南朝天皇的支持后，在1352年消灭了足利直义。其后，尊氏及其子义诠、直义的养子直冬、南朝势力三方继续混战，反幕府势力曾数度攻入京都。

足利家族内部混战的背后是武士家族结构的变化。在从过去的分割继承制向单独继承制过渡的过程中，以家族关系为基础的“惣领制”逐渐瓦解，由此产生了以地缘为基础的武士团，相互之间为争夺地区的主导权而战，即使在武士家族内部也是如此，从而使整个社会处在不稳定状态。直到第三代将军足利义满1368年执政后，采取各种措施成功削弱了称霸一方的守护势力，并将各国武士编入幕府任命的守护之下。在逐步巩固幕府统治的同时，使南朝丧失了抵抗幕府的社会基础。

1392年，足利义满呼吁南北朝统一，并得到南朝的积极反应。南朝后龟山天皇回到京都，将象征天皇权威的三件神器交给北朝的后小松天皇，长达半个多世纪的南北朝对立基本结束。但幕府并没有履行两派皇室轮流出任天皇的约定，而是不断迫使南朝皇族成员出家为僧，使其不能继承皇位，结果引起南朝皇族的怨恨和反抗，成为室町时代社会始终难以稳定的一个原因。