4 战后，学术研究与其产业应用之间出现了矛盾

科学研究和发展办公室（OSRD）主要存在于几个大学中，由其主导的成功的研发成就向布什（Vannever Bush）表明：联邦政府可以通过资助基础研究来促进新技术的发展。关于是应该在国家实验室中进行研究，还是应该在大学的实验室进行研究，专业人士展开了一场激烈的争论，当时国家实验室和高校实验室都参与了战时研究。问题是，是否应该在大学开展民用研究，而在政府实验室开展军事研究，或者这是否是留住大学科学家的最有效的方式？这些科学家中有很多人决定在战争结束后，就立即离开战时实验室，也不再在学术基础中进行防御研究。

还有一些其他的问题：军事研究和民用研究间的边界是什么？控制点应该设置在什么位置（Owen，1994）？在有关原子能研究由谁控制的讨论方面，大部分争论结束了。最终由一个新型民用研究机构，即原子能委员会，控制原子能研究，并且该机构需要处于严格的安全控制下。战争时期科学研究与发展局（OSRD）的关闭引起了军事服务研究机构的分离，其中，在经历过战争后，军方认识到了基础研究对于军事目标的贡献，并且希望与民用基础研究机构保持联系，大部分民用基础研究机构都位于大学（Etzkowitz，1994c）。

在这期间，尽管有关如何组织政府为研究提供支持的问题仍处于争论之中，但是，一个军事机构——海军研究办公室（ONR）挺身而出，并为基础研究提供了支持，这么做的目的也是希望其能够对基础研究产生长期的影响，争论的结果是形成了一个折中的方案。国家实验室得到了直接的资助，并且其工作重心是进行与防御相关的工作，而起源于19世纪中叶的美国国家卫生研究院被赋予了健康研究的使命。

政府内部研究活动拓展的同时，关于联邦资助的研究的同行评审体系在大学内成立了。这种方法的关键因素是，研究的思想由科学家来构思，同时这些思想的有效性是由在这个领域工作的其他科学家委员会决定的。政府的期望是，通过同行评审体系，研究会变得有益，并且在资助计划的范围内，该体系会将大部分的分配权利移交给学者，将科学从政治中分离出来的做法与政府的期望是可以兼容的。战争结束后不久，从一个小的校内研究所扩大而来的美国国家卫生研究院，也被委托去管理与生物科学相关的校外医学研究。美国国家科学基金会成立于1950年，对物理学、非医疗生物学以及之后的社会科学和工程学进行了资助。

除了国防需求外，与国家实验室的基础研究相比，大学的基础研究受到了更多的资助。第二次世界大战期间，政府同样支持医学研究来满足军事需要，但是过去几十年来，大学生物研究和医疗发展的主要动力来自于社会运动和对直接针对疾病治疗的相关团体的游说。以治愈包括癌症、心脏病以及阿尔茨海默等疾病为目的的社会运动，为资助研究的志愿协会提供了支持。通常，这些协会认为，他们不能筹集到足够的资金以完成自己的目标，因此他们会施加政治压力来扩大联邦政府在健康研究中的作用。而这种做法结果是，通过对使用研究解决健康难题感兴趣的社会运动，美国国立卫生研究院（NIH）得到了进一步的发展。虽然由美国国立卫生研究院资助治愈的大多数疾病仍然伴随着我们，但美国有一个生物技术产业，人们将其视作对基础研究进行慷慨支持而意外产生的产物。